محققان در حال توسعه خط لوله ای برای تجزیه و تحلیل توالی تشخیص ویروس ها هستند


نمودار Lazypipe. باینری ها و اسکریپت ها با رنگ سفید ، پرونده های ورودی و خروجی با رنگ سبز نشان داده می شوند. اعتبار: دانشگاه هلسینکی

محققان دانشگاه هلسینکی برای شناسایی ویروس ها در نمونه های مربوط به میزبان یا محیط زیست ، خط لوله بیوانفورماتیک جدیدی به نام Lazypipe ایجاد کرده اند.

این خط لوله در همکاری نزدیک بین ویروس شناسان و بیوانفورماتیک ساخته شده است. محققان معتقدند که آنها توانسته اند بسیاری از چالش های معمول در متاژنومیک ویروسی را برآورده کنند.

پیش از این ، واحد تحقیقاتی Zoonoses Viral ، تحت هدایت پروفسور Olli Vapalachti ، دو نمونه از عوامل ویروسی جدید و بالقوه مشترک انسان و دام را منتشر کرده است که با Lazypipe از حیوانات وحشی شناسایی شده اند که می توانند به عنوان بردار عمل کنند. یک ویروس جدید ابولا از مدفوع و اندام خفاش های Mops condylurus در کنیا و یک پاتوژن جدید منتقله از طریق کنه ، ویروس پالشن ، از کنه های شمال شرقی اروپا شناسایی شده است.

دکتر Teemu Smura می گوید: “این نمونه ها نشان دهنده اثربخشی تجزیه و تحلیل داده های Lazypipe برای کتابخانه های NGS با ریشه DNA / RNA بسیار متفاوت است ، از بافت پستانداران گرفته تا بندپایان خرد و خرد شده.”

COVID-19 نیاز به تشخیص سریع ویروس های جدید را افزایش می دهد

ویروس کرونا ویروس فعلی ، نیاز به شناسایی سریع ویروس های ناشناخته قبلی را به روشی بی طرف تقویت می کند.

دکتر راوی کانت می گوید: “کشف SARS-CoV-2 بدون ژنوم مرجع ، مفید بودن Lazypipe را برای سناریوهایی نشان می دهد که در آن عوامل ویروسی مشترک بین انسان و دام به وجود می آیند و می توان به سرعت توسط توالی NGS از نمونه های بالینی تشخیص داد.”

در اوایل آوریل ، تیم تحقیقاتی کتابخانه ها را با نمونه های مثبت SARS-CoV-2 با Lazypipe آزمایش کردند.

دکتر ایلیا پلیوسنین می گوید: “ما تأیید کرده ایم که خط لوله SARS-CoV-2 را از 9 کتابخانه با تنظیمات پیش فرض و بدون ژنوم مرجع SARS-CoV-2 شناسایی کرده است.”

پروفسور Tarja Sironen می افزاید: “Lazypipe می تواند نقش مهمی در پیش بینی بیماری های عفونی در حال ظهور داشته باشد.”


وقوع SARS-CoV-2 همراه با کاهش زیادی در گردش ویروس های تنفسی دیگر در طول موج اول


اطلاعات بیشتر:
ایلیا پلیوسنین و همکاران خط لوله جدید NGS برای شناسایی ویروس ها از طیف گسترده ای از میزبان ها و انواع نمونه ، ویروس تکامل (2020) DOI: 10.1093 / ve / veaa091

تهیه شده توسط دانشگاه هلسینکی

نقل قول: محققان خط لوله توالی یابی ویروس (2020 ، 3 دسامبر) را توسعه می دهند ، در تاریخ 3 دسامبر سال 2020 از https://phys.org/news/2020-12- نتیجه- تجزیه و تحلیل- pipeline- ویروس بازیابی شده است -discovery.html

این برگه یا سند یا نوشته تحت پوشش قانون کپی رایت است. به جز هر معامله عادلانه ای به منظور معاینه خصوصی یا تحقیق ، هیچ بخشی بدون اجازه کتبی قابل تولید نیست. این محتوا فقط برای اطلاع رسانی ارائه شده است.




منبع: moshaverh-news.ir

دیدگاهتان را بنویسید

Comment
Name*
Mail*
Website*